Exoma
El exoma es un estudio que permite realizar, en un solo paso, el análisis de todas las regiones codificantes del ADN mediante la técnica de NGS.
En el contexto de pacientes complejos, donde cada uno es importante, nuestro análisis de exoma ofrece una solución integral, confiable y clínicamente relevante. Combina tecnología validada, algoritmos propios y un enfoque personalizado para brindar resultados que impulsan el diagnóstico y mejoran el cuidado del paciente.
Con respecto a la metodología, el ADN se extrae de sangre periférica de acuerdo con métodos estándar y es procesado con tecnología Illumina por NGS; se incluye el ADN nuclear y el ADN mitocondrial. Se detectan variantes de nucleótido único, pequeñas inserciones/deleciones y variantes en el número de copias (CNV). La priorización de variantes se lleva a cabo teniendo en cuenta las guías de la ACMG/AMP y la información clínica proporcionada por el médico derivante.
Con respecto a la cobertura, el 99,1 % de las bases tienen una cobertura ≥20x. Estas condiciones corresponden a una secuenciación de altísima calidad de acuerdo a los estándares internacionales actuales. Nuestros exomas incluyen el análisis de las CNV validado para todos los genes. La secuenciación del ADN mitocondrial tiene una cobertura mínima de 800x, que permite detectar variantes de secuencia, incluso con bajo porcentaje de heteroplasmia.
Ofrecemos también la opción de exoma DÚO (se analiza al afectado con uno solo de sus progenitores; también pueden ser parejas con antecedentes de uno o más hijos afectados de los que no se cuenta con muestra biológica) y exoma TRÍO (se analiza al afectado junto con su padre y madre biológicos). Los exomas DÚO y TRÍO tienen un rédito diagnóstico mayor que los exomas solos.
También realizamos el estudio de exoma prenatal que se indica habitualmente en casos de embarazos con hallazgos ecográficos complejos.
Genoma
El genoma humano se define como el conjunto completo de material genético presente en una persona. El genoma contiene toda la información necesaria para el desarrollo y funcionamiento del organismo y constituye la base fundamental de la genética y la biología molecular.
Las pruebas de genoma contemplan el análisis de todo el ADN de la persona (incluye regiones codificantes y no codificantes) y tienen la tasa de diagnóstico más alta entre todas las demás pruebas genéticas.
La prueba de genoma se puede solicitar para el afectado solo o para el afectado junto con su madre y su padre (genoma TRÍO) o solo padre o madre (genoma DÚO).
Al realizar el análisis del genoma, se consideran todos los patrones potenciales de modo de herencia. Además, se utilizan los antecedentes familiares y la información clínica proporcionada para evaluar las variantes identificadas con respecto a su patogenicidad y causalidad de la enfermedad. Las variantes de secuencia se clasifican en cinco clases (patogénica, probablemente patogénica, variante de significado incierto [VUS], probablemente benigna y benigna) siguiendo las directrices del ACMG/AMP para la clasificación de variantes, además de las recomendaciones de ClinGen. Las CNV se clasifican también en cinco clases según las directrices del ACMG/ClinGen para la clasificación de las CNV. Además, pueden ser detectadas otras variantes clínicamente relevantes (por ejemplo, factores de riesgo, variantes modificadoras).
En los informes, se incluyen todas las variantes relevantes relacionadas con el fenotipo del paciente. Las variantes con baja calidad de secuenciación o cigosidad poco clara son confirmadas mediante métodos ortogonales. En consecuencia, se garantiza una especificidad >99,9 % para todas las variantes reportadas.
Microarrays
El análisis de microarray constituye una poderosa herramienta diagnóstica. Hoy en día, es uno de los primeros estudios solicitados, generalmente a pacientes pediátricos, con cuadros clínicos complejos, como retrasos globales del desarrollo, déficit intelectual, trastornos de espectro autista o anomalías congénitas. También se utiliza en casos complejos de diagnóstico prenatal.
Está diseñado para detectar cambios de ganancia o de pérdida de material genético, conocidas como CNV, así como disomías uniparentales detectadas mediante polimorfismo de un solo nucleótido (SNP, Single Nucleotide Polymorphism).
El microarray analiza tanto las zonas codificantes del ADN como las no codificantes. El tamaño mínimo detectable de las CNV es de 50 kb. Las variantes de deleciones o duplicaciones detectadas en el rango de 50-200 kb se informan solo si incluye genes de importancia clínica. También se detecta pérdida de heterocigosidad en regiones mayores de 8 Mb.Algunos ejemplos de enfermedades habitualmente diagnosticadas mediante la técnica de microarray son los siguientes:
- Síndrome de deleción 22q11.2 (síndrome Velocardiofacial/DiGeorge)
- Síndrome de Russell-Silver
- Síndrome de Prader-Willi/Angelman
- Síndrome de Wolf-Hirschhorn
- Síndrome de Smith-Magenis
- Síndrome de Kleefstra 1
- Enfermedad de Pelizaeus-Merzbacher
